高速メタゲノム相同性検索システム PZLAST on ZettaScaler-3.0 Server Unit

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所様、理化学研究所様とともに、弊社がZettaScaler-2.0サーバー上に開発しましたPZLASTを、新製品のZettaScaler-3.0 Server Unit上に実装いたしました。

１）概要・特徴

・ZettaScaler-3.0 Server Unit 1台（=4個のPEZY-SC3を搭載）あたり、ZettaScaler-2.0の1ブリック（=32個のPEZY-SC2を搭載）相当の処理能力を実現しています(以下表１)。これにより液浸システムは必要なく、19インチラック4U分で設置することが可能です。

・PEZY-SC3の4モジュールを並列に用いることによって高速な検索を可能としています。

・大容量RAM(1TB)を作業領域として用いることにより、ZettaScaler-2.0よりもCPU側の処理を大幅に高速化しました。

・PEZY-SC2からPEZY-SC3に変更することによる速度向上に加え、各種アルゴリズムの最適化を施しております。

・2TBを超えるメタゲノムデータベースを内蔵SSDに格納することにより高速なデータベースアクセスを可能としました。これによってZettaScaler-2.0で必要であった外付けの高速ストレージが必要なくなりました。

・ZettaScaler-2.0で行っている複数計算機での並列化は引き続き有効であり、本システムも台数を増設することにより処理能力をスケールアップすることが可能です。

表１：相同性検索時間のZettaScaler-2.0と3.0でのPZLAST比較（2022/07/15時点）

２）ZettaScaler-3.0 Server Unit仕様

Baseboard: ExaScaler EPX-BASE2 x 1

CPU: AMD EPYC x 1       

Accelerator：PEZY Computing MOD-SC3H (PCIe Gen4x16 bus) x max 4 modules

main memory：DDR4 ECC Registered 3200MHz SDRAM 1TB(max 2TB)

Storage：M.2 NVMe SSD 2TB x 4

OS：AlmaLinux 9

標準構成価格：1,000万円（税抜）

＊ZettaScaler-3.0 Server Unit 外観